В България първото сдружение на лекари се появява през 1880 г. в София под името „Физико-медицинско общество“. То е създадено от д-р Димитър Моллов и основната цел на дружеството е обсъждане на медицински и професионални въпроси, профилактика, превенция и лечение на различни заболявания.
Идея за създаване на сдружение на лекарите в България хрумва и на д-р Стойко Юрданов две години по-рано. На 12 март 1878 г. той подготвя от Турно Северин писмо до търновския лекар д-р Иван Славков с призив за създаване на дружество. В писмото си д-р Юрданов пише: Като ся збрахми с неколцина от наши побратя, като си напомнихме за мъките наши побратя българи что познаваме доктори и личенциати на медицинътъ,……….. , които са разпръснати по различни места, решихме ся да ся отправиме към всичките горе показани побратя да ся споразумейме, разискваме и решиме, синца заедно, и саставиме едно медицинско общество, което да ни съедини, зближи и даже убогатява нашите специални медецински знания. С това общество ще покажиме на образованите народи, че желаиме да работиме и да следваме пътят на образованите и свободните народи. Приживе той не успява да види идеята си осъществена, но на 10 декември 1883 г. деветима медици създават Варненското медицинско дружество. За председател е избран д-р Михаил В. Игнатиев, а сред членовете е д-р Борис Абрамович Окс – основател на първия Български институт за производство на противовариолна ваксина. През 1895 г. е създадено Русенското научно лекарско дружество, а две години по-късно подобна организация възниква и в Пловдив. Инициативата обхваща и градовете Враца, Ловеч, Плевен, Шумен, София и др. През 1900 г. по инициатива на Пловдивското медицинско дружество започва обединение на 14-е подобни организации в страната в Съюз на лекарите в България. Идеята е подкрепена от дружеството във Варна и през 1901 г. се провежда I лекарски събор, на който практически е учреден БЛС.
Така съсловната организация на лекарите в България е второто в световен мащаб професионално сдружение на медици. Задачата на организацията в началото била да защитава интересите на лекарското съсловие и да определя техните хонорари. Постепенно нейната роля и функции се разширяват и тя прераства във важен фактор за организиране на медицинската помощ в страната. Поради липса на министерство на здравеопазването по това време, БЛС дори определя здравната политика.
Първият председател на БЛС е д-р Димитър Моллов. До 1947 г. се приемат много важни правила за практикуването на лекарската професия, морално - етични норми и финансови взаимоотношения между лекар и пациент. На II лекарски събор делегатите взимат решение да издават свой печатен орган с името „Летописи на Лекарския съюз“. Членството в този период е било задължително. През 1947 г. БЛС е закрит от комунистическата власт, а имотите, които е притежавал, биват иззети, активистите му стават обект на различни преследвания. Във времето, когато съюзът не съществува, властите нанасят огромни щети върху лекарското съсловие, като превръщат лекаря от свободна творческа личност в държавен служител на най-ниското социално стъпало. Следва и премахването на частната практика през 1971 г. През тези години лекарското съсловие няма своя професионално-съсловна организация, а е част от т.нар. профсъюз на здравните работници – казионна организация, обслужваща властта.
След демократичните промени през 1989 г. започва постепенното обединяване на гилдията, създават се самостоятелни 28 регионални дружества, които стават основата за възстановяване на БЛС в национален мащаб. В началото на 1990 г. БЛС е възстановен и проф. д-р Иван Киров е първият избран лидер на 27-ия Възстановителен събор. Първоначално са избрани временни подпредседатели - проф. д-р Димитър Радонов (имал смелостта публично да се изкаже в подкрепа на възстановяването на БЛС още по време на тоталитарния режим), д-р Триас Мавроматис и д-р Емил Пейчев. Възстановено е издаването на националния печатен орган на организацията, вече под името „Quo vadis“. През ноември 1990 г. са избрани други зам. председатели – д-р Иван В. Иванов, доц. д-р Милан Миланов и д-р Атанас Щерев.
Две години по – късно за председател на БЛС е издигнат хирургът от ИСУЛ д-р Димитър Игнатов. Той е начело на БЛС общо 10 години. В същия период (1992 – 2002г.) главен секретар на БЛС е д-р Стоян Ботев, д.м. По време на поредните мандати зам. председатели са били д-р Антон Въжаров, д-р Драго Желев, д-р Илко Семерджиев, д-р Петко Касабов, д-р Милан Миланов и д-р Андрей Кехайов. През този период лекарите и стоматолозите членуват в единна организация, регистрирана по Закона за лицата и семействата.
Легитимирането на БЛС като самостоятелна законова организация става след приемането на ЗСОЛС през 1999 г. Съгласно ЗСОЛС се създават съсловни организации на лекарите и стоматолозите - Български лекарски съюз (БЛС) и Съюз на стоматолозите в България (ССБ), уреждат се устройството, организацията и дейността им, условията за упражняване на лекарската и стоматологичната професия и отговорността за нарушаване на професионалната етика. Според закона всички лекари и стоматолози, които упражняват професията си, членуват в БЛС, съответно ССБ. Тези съюзи изготвят Кодекс за професионална етика на лекарите, съответно на стоматолозите, упражняват контрол по спазването им, както и налагат санкции, предвидени в този закон. Уредено е членството в БЛС и ССБ, което възниква с вписването в регистъра на съответната съсловна районна колегия. Посочени са и обстоятелствата, които се вписват в съответния регистър. Предвидено е, че лекарите и стоматолозите носят отговорност за извършените от тях нарушения, допуснати при изпълнение на професионалните им задължения. Определени са и съответни наказания. Регламентирано е и задължение на Министерския съвет, областните управители и общините в определен срок да предоставят на БЛС и ССБ, държавна или общинска собственост, необходима за осъществяване на дейността им. В заключение е прието, че Българският лекарски съюз е правоприемник на Българския лекарски съюз, създаден през 1901 г., а Съюзът на стоматолозите в България е приемник на Българския зъболекарски съюз от 1905 г. Този закон се счита за най-големия успех на тогавашното ръководство на Съюза, защото той фактически извежда организацията на ново ниво и я превръща в институция с нов облик и правомощия. Освен председател на БЛС, д-р Д. Игнатов е и депутат в Народното събрание.
На редовния отчетно – изборен събор през април 2002 г. делегатите приемат нов текст в Устава, според който депутати не могат да се кандидатират за ръководните органи на Съюза. Така за нов председател е избран д-р Андрей Кехайов – работил като хирург в гр. Рудозем, със собствен частен бизнес в сферата на търговията с петрол, печатарски услуги и хотелиерство. Той е и бивш председател на РЛК-Смолян, както и зам.-председател на БЛС. За негови заместници са избрани д-р Георги Сакакушев от Пловдив /съдов хирург/ и д-р Иван Гълъбов от Варна /педиатър/. Първият мандат на УС под председателството на д-р А. Кехайов завършва през 2005 г. и на проведения през 2005 г. в София редовен отчетно – изборен събор, д-р Кехайов е преизбран за председател, без да има алтернативни кандидатури. Негови заместници са д-р Георги Сакакушев и д-р Цветан Райчинов от Русе /гинеколог/.
След въвеждането на здравното осигуряване, БЛС по закон е приет за договорен партньор представляващ интересите на лекарите. До 2006 г. съюзът има изключително важна роля в изработването на Националния рамков договор, която постепенно е ограничена след направени законови поправки от тогавашното парламентарно мнозинство.
През 2008 г. ръководството не спазва Устава и ЗСОЛЛДМ и повече от 6 месеца след изтичане на мандата отказва да свика редовен събор за избор на нови ръководни органи, въпреки искането на три четвърти от районни колегии. Това налага промяна в ЗСОЛЛДМ. Допълва се текст, според който, ако събор не се свика в определените срокове, то той се насрочва от министъра на здравеопазването. Поправката е гласувана единодушно в парламента. Така министърът на здравеопазването д-р Евгений Желев, задължен от Народното събрание да определи датата на събора, издава заповед, с която свиква редовен отчетно-изборен събор на БЛС на 9-11 януари 2009 г. в София. На провеждането му присъстват лекари от цялата страна и с абсолютен кворум е избрано ново ръководство на съюза с председател д-р Божидар Нанев, лекар с три хирургически специалности, от Варна. Зам.-председатели са д-р Цветан Райчинов и д-р Стефан Константинов от Кюстендил /гинеколог/.
На 18-21 януари 2009 г. д-р Андрей Кехайов свиква алтернативен събор в гр. Сандански, където, поради символично присъствие на лекари, съборът не може да се легитимира като законен. На него е представен отчет за изминалия мандат и поради липса на кворум форумът е закрит. Междувременно последва признаване на новоизбраното ръководство на БЛС от всички официални институции – Народно събрание, парламентарно представени партии, МЗ, НЗОК, международни организации, в които БЛС членува.
На 27 юли 2009 г. Парламентът гласува първия кабинет на премиера Бойко Борисов, а за министър на здравеопазването бе избран тогавашният председател на Българския лекарски съюз д-р Божидар Нанев. На 17 октомври 2009 г. 47-ят Извънреден отчетно-изборен събор избира за председател на съсловната организация д-р Цветан Райчинов – акушер-гинеколог от Русе, дотогава зам.-председател на БЛС. На 6 октомври 2010 г. зам.-председателят на БЛС д-р Ст. Константинов е избран за министър на здравеопазването, след смяна на проф. Анна-Мария Борисова. Неговото място е заето от д-р Юлиян Йорданов, който печели избора на проведения 51-и извънреден Събор на БЛС. Основните задачи, по които Съюзът работи усилено, са проблемите на професионалната етика. В осъществяването им участват големи екипи от представители на научната медицинска общност, експерти, известни български лекари специалисти.
Български лекарски съюз продължава да отстоява интересите на съсловието, които са интереси и на цялото общество - тревожи се от липсата на политическа воля, която да изведе докрай здравната реформа, безпокои се от липсата на ясна стратегия за развитието на здравеопазването в България, както и от големия брой български лекари, избрали да продължат професионалната си реализация в чужбина. Това предпоставя редица срещи, разговори, дискусии с Министерството на здравеопазването, с едноименната парламентарна комисия, с научни и обществени организации, както и изготвянето на проекти за промени в съществуващите закони за съсловните организации, закона за здравето, закона за лечебните заведения и др. Чрез добрите контакти, изградени с международните организации, чийто член е БЛС, се изучава чуждестранният опит в областта на управление на здравеопазването, търсят се практиките на лекарските камари в системата на продължаващото обучение и квалификация, изработване на правилата за добра практика и остойностяване на медицинския труд. Това са и приоритетите, по които организацията работи в рамките на мандата на ръководството до март 2012 г.
На 9-11 март 2012 г. се провежда 54-ия отчетно - изборен събор на БЛС. С вота на 2/3 от делегатите е преизбран председателят на БЛС д-р Цветан Райчинов. Единодушно са преизбрани и двамата заместник-председатели д-р Юлиян Йорданов и д-р Георги Ставракев, както и главният секретар д-р Димитър Ленков. Етичната комисия е оглавена от д-р Петко Загорчев /Шумен /, а Контролната комисия - от доц. д-р Любомир Алексиев /ВМА-София/. По този начин висшият форум на Съюза гласува доверие на ръководството си за още един тригодишен мандат.
На 8 май 2015 г. се провежда 63-ят редовен отчетно-изборен събор на БЛС. За председател на БЛС е избран д-р Венцислав Грозев, заместник-председатели - проф. д-р Огнян Хаджийски и д-р Галинка Павлова, както и главният секретар д-р Стоян Борисов. Етичната комисия е оглавена от д-р Петко Загорчев, а Контролната комисия - от доц. д-р Стоян Сопотенски. За първи път е гласуван и председател на Акредитационния съвет, като нова структура, свързана с продължаващото обучение. За негов председател е избран д-р Юлиан Йорданов.
На 8-10 юни 2018 г. се провежда 68-ят редовен отчетно -изборен събор на БЛС. За председател на БЛС е избран д-р Иван Маджаров, заместник-председатели - проф. д-р Николай Габровски и д-р Николай Брънзалов, както и главният секретар д-р Стоян Борисов. Етичната комисия е оглавена от д-р Юлия Бянкова, а Контролната комисия - от доц. д-р Стоян Сопотенски.
72-ят редовен Отчетно-изборен събор на БЛС се провежда на 18 септември 2021 г. в необичайна обстановка заради пандемията от SARS-CoV-2. С 324 гласа за следващия 3-годишен мандат за председател на съсловната организация е преизбран д-р Иван Маджаров. За зам.-председатели са избрани д-р Николай Брънзалов и доц. д-р Христо Шивачев. Съборът излъчва за главен секретар д-р Валентин Пеев. В състава на УС на БЛС като негови членове влизат: д-р Ваня Добрева, д-р Николай Колев, д-р Гергана Николова, д-р Валери Веселинов, д-р Росен Айков, доц. Стоян Сопотенски, д-р Йордан Гечев, д-р Иво Парунов, д-р Жанина Калинкова, проф. д-р Милена Станева, проф. д-р Огнян Хаджийски. Начело на Контролната комисия Съборът поставя д-р Методи Кунчев, а Централната комисия по професионална етика се оглавява от проф. д-р Мая Аргирова. Делегатите на Събора приемат и декларация с призив обществото да се ваксинира, а контролните държавни органи да влязат по категоричен начин в ролята си и да предприемат необходимите мерки по предотвратяването на порочни практики свързани с издаването и ползването на неистински сертификати за ваксинация.
На 28.09.2024 г., по време на 77-ият редовен отчетно-изборен събор на Български лекарски съюз, с 252 гласа делегатите избраха д-р Николай Брънзалов за председател на Съсловната организация. Досегашният председател, два поредни мандата, д-р Иван Маджаров е избран за зам.-председател на БЛС. Другият заместник-председател е д-р Валери Веселинов. За членове на УС на БЛС делегатите гласуваха доверие на: д-р Николай Колев, д-р Генка Пейчева, д-р Георги Миндов. доц. Георги Тодоров, д-р Иво Парунов, д-р Кирил Недялков, д-р Мария Ганчевска, проф. Огнян Хаджийски, д-р Росен Айков, д-р Христо Димитров и проф. Христо Шивачев. За главен секретар на БЛС е преизбран с 322 гласа д-р Валентин Пеев. Две дами застават начело на комисиите към БЛС. Д-р Ваня Добрева-Павлова е избрана за председател на Контролната комисия, а проф. Мая Аргирова за втори път оглавява Централната комисия по професионална етика.
